一种新的沙门氏菌成簇重复序列的预测方法
【出 处】:
【作 者】:
程希
郭志荣
胡跃明
汪业军
深圳大学医学部基础医学院细胞生物学和遗传学系
广东深圳518060
首都医科大学附属北京胸科医院
北京100049
北京市结核病胸部肿瘤研究所
北京100049
【摘 要】目的建立一个新的、直观的鉴定和显示细菌基因组成簇重复序列的方法,了解沙门氏菌基因组成簇重复序列的组成特征。方法直接将细菌的基因组用滑动窗口法切割成重叠片段,每一个片段自体比对,利用Pip Maker生成共线性图。通过共线性图特征识别成簇重复序列区。结果用所设计方案-成簇重复序列预测器(CRpred)对鼠伤寒沙门氏菌LT2菌株基因组进行扫描,总共鉴定出151个成簇重复区。特征分析表明,这些成簇重复区包含低拷贝简单串联重复、高拷贝简单串联重复、间隔串联重复、反向回文重复和反向间隔重复等5种类型。此外,沙门氏菌基因组中有9个复杂重复区域无法使用上述模式进行归类。结论提出了一个新的、简便直观的基因组成簇重复序列的鉴定方法,为搜寻成簇的、规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)、数目可变串联重复序列(VNTR)以及其他重复序列相关研究提供支持。
相关热词搜索: 重复序列 沙门氏菌 PipMaker 成簇的、规律间隔的短回文重复序列 数目可变串联重复序列
上一篇:喝母乳会有助于婴幼儿智力发育吗?
下一篇:伴侣素包含T复合蛋白1ε亚基(CCT5)是与人γδT细胞相关的自身抗原